На 1 декември 1891 г. със Заповед 439/1 декември 1891 г. (19 ноември 1891 г. ст. ст.) на военния министър полк. Михаил Савов се учредява Софийска обща гарнизонна болница.

За първи началник е назначен д-р Георги Золотович, лекар на Военното училище, участвал в изготвянето на законопроекти за здравеопазването и един от основателите на Българския лекарски съюз.

На 12 август 1960 г. с Постановление 196 на Министерския съвет се създава Висш военномедицински институт (ВВМИ), който включва Научноизследователския военномедицински институт, Общоармейската болница и Отдела за военномедицинската подготовка към Медицинско управление при Министерство на народната отбрана.

На 7 април 1989 г. с Указ 546 на Държавния съвет се създава Военномедицинска академия (ВМА) към Министерство на отбраната, която обединява ВВМИ, Обединен авиомедицински научноизследователски институт, Военноморска болница - Варна и Първа клинична болница "Д-р К. Хавезов" (Клинична база "Лозенец") в София.

Към момента ВМА обединява пет болнични бази за активно лечение в София, Пловдив, Варна, Плевен, Сливен, три болнични бази за рехабилитация и профилактика в Банкя, Хисар и Поморие, Център за военномедицинска експертиза и авиационна медицина, Военномедицински отряд за бързо реагиране, Център за военна епидемиология и хигиена - София, с филиали в Пловдив, Сливен и Варна, Научноизследователски център за радиологична, биологична и химическа защита.

През 2001 г. и 2006 г. ВМА е акредитирана като лечебно и учебно заведение с оценка "отличен" за период от 5 години съгласно Закона за лечебните заведения и Наредбата на Министерството на здравеопазването.

През 2002 г. МА е акредитирана в съответствие със Закона за висшето образование за обучение на докторанти по 16 научни медицински специалности.