Не е организиран ефективeн контрол за безопасност на храните, има риск  на територията на страната да бъдат допуснати опасни храни. В контролната инспекция съществува риск от корупция.

Това са някои от изводите от доклада на Сметната палата, изготвен след проверката на дейността на Българската агенция за безопасност на храните (БАБХ). Одитът за ефективност и ефикасност е направен за периода от 2010 до средата на 2014 година. (БАБХ започва съществуването си в началото на 2011 година).

Одиторите констатират, че действащата нормативна база е синхронизирана с принципите на законодателството на Европейския съюз. Не е разработена обаче цялостно подзаконовата нормативна база, което създава възможност за разнородни практики.

От Сметната палата отчитат, че в Агенцията полагат усилия, за да осигурят необходимия административен капацитет. Одиторите обаче посочват, че в Агенцията по храните хронично не достигат средства – заплащането на служителите е ниско, обучените кадри не са мотивирани, а като цяло това води до голямо текучество на персонал, както и до риск от корупционни практики.

Финансовото стимулиране в БАБХ не е адекватно на осъществявания от инспекторите контрол и създава корупционни рискове. Налага се влагане на допълнителен ресурс и време за подготовка на нови инспектори, посочват от Сметната палата.

Всичко това са рискове за ефективното и ефикасното осъществяване на контролната дейност. Например, поради липса на административен капацитет проверки са осъществявани само от един инспектор, освен това липсва ротация на инспекторите.

Недостатъчните финансови ресурси в БАБХ, както и непредвидимите допълнителни средства, които получава агенцията, не позволяват да се направи годишен план за работата и проверките на обектите, констатират още от Сметната палата.  Това се отнася както за контрола на обектите за търговия на дребно и обществено хранене., така и за контрола на вноса на граничните рунктове.

Затруднен е контролът особено в по-големите областни дирекции, където броят им е значителен. Само в София например, обектите за обществено хранене и търговия на дребно с храни са над 18 500, дават за пример от Сметната палата.

Една от препоръките на Сметната палата е да има дежурен служител, който да е на разположение извън работно време за спешни случаи, денонощно, 7 дни в седмицата във всички подразделения на БАБХ.

Към март 2015 г. все още няма разработени модули за мониторинг, лабораторен анализ и контрол на качеството и безопасността на храните към специализираната информационна система за ветеринарен контрол. Не е изградена информационна система за лабораторен контрол и проследяемост на пробите и резултатите от тях, във връзка с програмите за контрол на храните и фуражите и здравеопазване на животните.

Регламентирани са правилата и процедурите за планиране и осъществяване на официалния контрол върху ГМО и са се увеличили проверките за ГМО. Броят им през 2012 г. е 2322, със 72 на сто повече спрямо 2011 г., а през 2013 г. проверките върху ГМО са 3087, т.е. с 32 на сто повече спрямо 2012 г.  Проблем, според Сметната палата е, че те се извършват само от един инспектор и липсва ротация.

За периода от 01.01.2011 г. до 30.06.2014 г. са извършени общо 191 393 проверки, от които 123 659 планови проверки. Наложени са общо 59 803 принудителни административни мерки. Броят на временно спрените обекти от експлоатация през одитирания период е 1 091. През одитирания период са унищожени 1 952 593 кг храни.

За одитирания период липсва увереност, че са предприети всички мерки за предупреждение на гражданите, закупили опасни продукти, за които има уведомление по Системата за бързо предупреждение за храни и фуражи.