Националните органи на партията ГЕРБ са: Национално събрание, председател, изпълнителна комисия и контролна комисия.
Основните им принципи и начини на функциониране са заложени в устава на ГЕРБ, приет на днешното учредително събрание с пълно мнозинство.

Националното събрание е върховен партиен орган, който се свиква най-малко веднъж на три години с решение на изпълнителната комисия.
То се състои от делегати на общинските организации и в него участват по право общинските ръководители, областните ръководители и организационни секретари, членовете на изпълнителната и контролна комисия, както и народните представители и министрите, членове на партията.
Основните функции на Националното събрание са да приема изменя и допълва устава. Освен това то приема решения за политиката на партията, избира председателя й, а също така избира и освобождава членовете на комисиите.
Решенията се взимат от Националното събрание с обикновено мнозинство. При липса на кворум заседанието се отлага с 1 час, след което се провежда с явилите се членове.

Председателят на ГЕРБ според устава се избира от Националното събрание за срок от три години.  За избирането му е необходимо обикновено мнозинство.
Председателят представлява ГЕРБ, а при невъзможност упълномощава изрично един от членовете на изпълнителната комисия.
Сред основните му функции са да координира изпълнението на решенията на изпълнителната комисия и да ръководи дейността й.
Освен това председателят на ГЕРБ по право е председател на Националното събрание и на  изпълнителната комисия.

Друг ръководен орган на новоучредената партия е Изпълнителната комисия, която се избира от Националното събрание за срок от три години.
Тя се отчита пред Националното събрание като представя отчет за дейността си по време на мандата си.
Изпълнителната комисия е съставена от 7 члена, сред които и председателят на партията. Нейните членове избират помежду си организационен и финансов секретар.
Освен това изпълнителната комисия изпълнява решенията на Националното събрание, приема решения по текущи въпроси в интерес на партия ГЕРБ.
Комисията може да свиква и отлага заседания на всички партийни структури и органи.
Тя изготвя бюджет и отчет за изпълнението му.
Тя определя предизборната стратегия на партията, утвърждава членовете на ГЕРБ и определя стратегията на парламентарната дейност на партията.
Изпълнителната комисия има правомощията да създава временни и постоянни експертни групи, утвърждава състава им и правилата за дейността им. Тя приема решения за придобиване , управление и разпореждане с имуществото на партията.

Контролната комисия е контролният орган на партия ГЕРБ. Тя се състои от 7 члена, които се събират от Националното събрание за срок от 3 години.
Членовете й избират от своя състав председател.  Те нямат право да участват в ръководните органи на ГЕРБ.
Контролната комисия има право да следи за спазване на устава, правилниците и програмните партийни документи.
Тя следи за изпълнението на решенията на органите на ГЕРБ. Извършва финансово-счетоводна ревизия на всички органи на ГЕРБ веднъж годишно или по искане на председателя й.
Сред основните функции на контролната комисия е да проверява деловодната работа на партийните органи.
Тя разглежда и се произнася по вътрешнопартийни спорове, жалби и нарушения.
Нейния председател ръководи заседанието и координира дейността на комисията. Той има право да участва в заседанието на изпълнителната комисия със съвещателен глас.